1906年学校设立第一个专科——商务专科，开设的课程有：英文、法文（并非法国语言，而是中国古代文选）、国文、里司、地理、商业、道德、商品学、商法学、簿记、商运学、理财学、国际商法、国际公法、银行学、财政学、商业统计学等约20门。

在设立商务专科的同时，还开设了铁路工程班，这样，本校就进入了培养工、商业实业人才的专门学校时期，从而结束了南洋公学时期专业经常变动的局面。这是本校历史上的一次转折。