1928年10月，南京国民政府改组，增设铁道部。学校移归铁道部管辖，将设在上海、唐山、北平三处的交通大学各学院合并，统称铁道部交通大学，分上海本部（即我校）、北平铁道管理学院和唐山土木工程学院。校长由铁道部部长孙科兼任，副校长由黎照寰兼任。不久，黎又被任命为专职校长。这样就把“部（铁道部）、路（铁路）、校（交大）联成一贯”，形成“部校合作”体系和“建教合作精神”，“校中师生均得安心教读，勤求学业，蔚成良善校风”。
这一时期学校经费充裕，校舍建设和系科建设都得到较快发展，校园面积也扩大到近500亩。期间，我校先后成立了科学学院、管理学院、土木工程学院、机械工程学院、电机工程学院和中国文学系、外国文学系，由此形成了以工为重点，理为基础，兼重管理的教学体系。这一时期学校发展迅速，特色明显，成绩显著，影响深远，广大校友称之为新中国成立前学校发展历史上的“黄金时期”。
